La Basilica Inferiore, comunemente detta cripta benché sia a livello del piano stradale e contigua al grandioso vestibolo che da accesso al palazzo papale, fu eretta fra il 1109 ed il 1157, quando il primo settembre fu consacrata dal vescovo Dodone.

L’aula absidata è divisa in nove piccole navate da sedici colonne dai capitelli di varia forma, provenienti da più antichi edifici.

Una di queste colonne, la prima a destra, è un miliario della consolare Salaria, così come dimostra l’iscrizione del IV sec.

Nel catino absidale, resta traccia della decorazione pittorica risalente al XIV secolo: è ancora leggibile l’affresco raffigurante San Pietro apostolo e San Giorgio a cavallo che combatte il drago simbolo del demonio.

La Basilica Inferiore, costruita fra il 1109 ed il 1157, è divisa in nove navatelle da sedici antiche colonne dai capitelli di vario stile. Una di esse (la prima a destra) è un miliario romano della consolare Salaria.

Alle pareti, sono pochi lacerti di affreschi, fra cui si segnala un San Giorgio ed il drago incluso nel catino absidale.

Nel Seicento, la basilica inferiore fu sede della Venerabile Compagnia delle Stimmate di San Francesco.